piątek, 19 maja 2017

Delecje

Na rysunku powyżej widać fragment programu do wyszukiwania dużych delecji w wynikach z 23andMe. Wyniki z 23andMe nie są stworzone do tego aby szukać w nich delecji. Jeśli szukasz dużych delecji (~100 tyś. bp) to dobrym sposobem wydają się mikromacierze, jeśli szukasz krótkich delecji (~100 bp) to badania WES/WGS będą pomocne. Do wyniku wyszukiwania dużych delecji w wynikach z 23andMe należy podchodzić ostrożnie. Wyszukiwanie opiera się na kilku założeniach. Po pierwsze zakładam, że delecja na dwóch bliźniaczych chromosomach skutkuje wartością '--' w wyniku. Taka wartość może się też pojawić, niestety z innych powodów. Druga sprawa to taka, że w dużym fragmencie kolejnych wariantów z wartością '--' nie dopuszczam innych wartości, żeby uznać dany fragment za delecję. Takie pojedyncze warianty z innymi oznaczeniami mogłyby się pojawić za sprawą homologów/ortologów/paralogów czy pseudogenów. Jeśli tak będzie to taki fragment nie zostanie uznany za delecję (być może przydałoby się wprowadzić do programu pewną tolerancję na tego typu rzeczy). O ile delecja na parze chromosomów wydaje się, że skutkuje oznaczeniem '--' (w wynikach są też oznaczenia 'DD' oznaczające delecje, ale nie o takie delecje chodzi) to delecja na pojedynczym chromosomie jest bardziej problematyczna. Prawdopodobnie skutkuje ona tym, że pewien spory fragment kolejnych wyników dla wariantów składa się wyłącznie z genotypów o dwóch takich samych allelach. Ta sytuacja wcale nie musi być patologiczna i nie musi oznaczać delecji. Żeby błędnie nie zakwalifikować takiego czegoś jako delecji należało ustawić duże wartości w parametrach dla wykrywania delecji na pojedynczym chromosomie.

Obsługa programu jest bardzo prosta. Po naciśnięciu przycisku "przeglądaj" wybiera się plik z surowymi danymi. Program rozpoczyna pracę automatycznie najpierw pobierając plik, następnie go odczytując. W kolejnej fazie zaznacza na obrazku z chromosomami odpowiednie obszary, które podlegały genotypowaniu, na podstawie wczytanego pliku. W tym samym czasie próbuje wykryć delecje i jeśli tak się stanie rysuje odpowiednie informacje i dodaje info o tym co zostało znalezione (na spodzie strony). Oznaczone w wyniku warianty rysowane są kolorem zielonym, znalezione delecje na obu chromosomach kolorem czerwonym a na jednym chromosomie kolorem pomarańczowym. Można zmienić parametry wyszukiwania i/lub skalę obrazka i nacisnąć przycisk rysuj. Wykres zostanie ponownie narysowany dla zmienionych danych.


Jakie delecje można wykryć

Wykrycie delecji zależy od gęstości wariantów w danym zakresie i od ustawień programu. Jeśli ustawimy, że interesują nas duże delecje to jeśli program coś wykryje to jest większa szansa, że to co zrobił jest poprawne. Jeśli zmniejszymy parametry programu tak, żeby wykrywać mniejsze delecje to program stanie się bardziej "czuły", ale zaczynają wkradać się nieprawidłowości (wyniki fałszywie pozytywne). Poniżej przedstawionych zostało kilka przykładów wyszukiwania delecji w (spreparowanych) wynikach z 23andMe. Przykłady zostały przygotowane na podstawie dostępnej literatury medycznej opisującej wykryte delecje.


Delecja 22q11

Na rysunku obok widzimy delecję na 22 chromosomie w okolicach locus q12. Obrazek przedstawie delecje dla trzech różnych pacjentów powiększone w programie do wielkości x8. Kolorem czerwonym zaznaczono co prezentowałby program gdyby delecja dotyczyła obu chromosomów, kolorem pomarańczowym gdyby delecja dotyczyła tylko jednego chromosomu. Delecja tego regionu występuje z częstotliwością 1/4000 i skutkuje opóźnieniem rozwoju, opóźnieniem mowy, problemami z nauką, zachowaniami ze spektrum autyzmu i ADHD. Czasami symptomy mogą być na tyle łagodne, że opóźniają właściwą diagnozę.


Delecja 22q13

Delecja 22q13.3 nosi też nazwę zespołu Phelan-McDermida. Częstotliwość występowania nie jest znana, ale podejrzewa się, że jest bardzo niska. W rejonie 22q13 występuje gen SHANK3, silnie powiązany z autyzmem. Dlatego też delecje w rejonie 22q13 skutkują objawami ze spektrum autyzmu. Na rysunku obok widać rzeczywistych 5 przypadków delecji w tym rejonie zaczerpniętych z literatury. To co się rzuca w oczy to to, że rozmiary tych delecji są radykalnie różne. W przypadku drugiego pacjenta widać, że doszło do delecji całego locus q13.31, podczas gdy u trzeciego pacjenta widać, że brakuje tylko krótkiego fragmentu w locus q13.33. Co więcej, ta delecja nie zostanie znaleziona przez opisywany program na standardowych ustawieniach, trzeba zmniejszyć do 10 ilość kolejnych wariantów z '--' w parametryzacji.


Delecja 1p36

Po lewej widzimy delecję na pierwszym chromosomie. Występuje z częstotliwością około 1/5000. Osoby z tą delecją dotknięte są często różnymi dymorfizmami. Ich rozwój umysłowy jest także nieprawidłowy.


Konkluzja

Wiele osób wykonuje badania w 23andMe. Nie są to drogie badania, ale nie niosą tyle informacji co np.: WES czy NGS. Wydaje się, że dziecko dotknięte różnymi dymorfizmami, cierpiące na padaczkę czy z ciężkim upośledzeniem umysłowym powinno mieć pogłębioną diagnostykę genetyczną. W praktyce okazuje się, że badania kariotypu czy MLPA niczego nie wykrywają a z uwagi na to, że za mikromacierze czy WES muszą zapłacić rodzice to badania te nie są wykonywane. Opisywany tutaj program stara się wykryć duże delecje w wynikach z 23andMe. Oczywiście, wszystkiego co wykryje ten program nie należy brać za "dobrą" monetę i trzeba potwierdzić znalezisko w odpowiednim badaniu genetycznym (mikromacierze, WES). Być może istnieją osoby, które nie zdecydowały się na mikromacierze czy WES a wykonały badanie w 23andMe i może są rzeczywiście posiadaczami jakiejś dużej delecji. Opisywane na tej stronie przykłady kilku delecji nie wyczerpują możliwości opisywanego programu. Stanowią jedynie przykład. Jeśli ktoś ma ochotę to zapraszam do korzystania z programu. Należy się wyczulić na to, że program prawdopodobnie pokaże problem w rejonie chromosomów X i/lub Y. Dla kobiet będzie zgłaszał błąd, że nie ma dużej ilości danych na chromosomie Y (hmmm, właściwie całego chromosomu). W przypadku chromosomu X wydaje się, że 23andMe ma jakiś problem z genotypowaniem i czasem brakuje dużych fragmentów tego genu. Nie sądzę, że tak jest w rzeczywistości, raczej to błąd po stronie 23andMe. Wydaje się, że można spokojnie zignorować wskazywane delecje na chromosomie X i Y.

Program znajduje się pod adresem: http://agdziedrugijez.pl/hg19/cytobands/cytobands.html

wtorek, 16 maja 2017

Kanały sodowe i klonazepam

Profesor William Albert Catterall to światowej klasy ekspert w zakresie budowy i funkcjonowania kanałów jonowych. Co mnie niepomiernie cieszy to to, że ostatnimi czasy jego dociekania dotyczą także autyzmu. Dzisiejszy, krótki post będzie dotyczył głównie jego publikacji "Autistic behavior in Scn1a+/− mice and rescue by enhanced GABAergic transmission[1]". Jak mogliśmy się przekonać z poprzednich postów dotyczących kanałów sodowych różne defekty różnych kanałów sodowych rodzą różne konsekwencje. Nic nie jest tu proste i oczywiste. Wydaje się, że jednym z kryteriów podziału tych defektów może być ocena w jakim stopniu dany defekt wpływa na pracę kanału, czy konsekwencją defektu jest nadmierna przepuszczalność kanału czy też wprost przeciwnie, ograniczona przepuszczalność. Żadna z tych skrajności nie jest pożądana. Wydaje się, że nadmierna przepuszczalność kanału skutkuje raczej padaczką, podczas gdy ograniczona przepuszczalność powoduje raczej autyzm. Co ciekawe, u niektórych osób z defektem skutkującym brakiem działania kanału sodowego (i widocznym autyzmem) występuje też padaczka. To może sugerować, że podział ze względu na nadmierną/ograniczoną przepuszczalność nie jest do końca precyzyjny. Pewne wskazówki widać z prac badaczy nad Zespołem Draveta. Zespół Draveta spowodowany jest przez mutacje w genie SCN1A, które skutkują tym, że kanały sodowe Nav1.1 przestają przepuszczać jony. Brak funkcjonowania kanałów sodowych pozostaje w sprzeczności z obserwowaną u pacjentów padaczką. Wydaje się, że to nadmierna przepuszczalność kanału (a nie jej brak) powinna skutkować padaczką. Sprawy są trochę bardziej skomplikowane.

One current research project focuses on severe myoclonic epilepsy of infancy, an autosomal dominant genetic epileptic encephalopathy with devastating consequences for affected children, which is caused by heterozygous loss-of-function mutations in the gene encoding the brain sodium channel Nav1.1. He has developed a mouse genetic model that recapitulates all of the features of this disease, including the pattern and severity of seizures and the co-morbidities. With this mouse model, he has shown that the primary pathogenic event in this disease is failure of action potential generation in GABAergic inhibitory neurons. This impairment disinhibits the excitatory neurons and causes uncontrolled hyperexcitability and epilepsy, as well as ataxia, sleep disturbance and other co-morbidities.

Sodium channels are critical regulators of neuronal excitability. De novo loss of function mutations in the SCN1A potentially lead to haploinsufficiency of Nav1.1 channels. Theoretically, haploinsufficiency of the Nav1.1 channel should not cause epilepsy because reduced sodium current produces neuronal inexcitability rather than hyperexcitability that is associated with seizure activity.

Dr. Catterall has generated mouse models of Dravet Syndrome by ablating the SCN1A gene in mice and has shown that dramatic loss of sodium current in the hippocampal GABAergic inhibitory neurons in these mice may cause their epilepsy.

The results of these mouse models suggest that failure of excitability of hippocampal GABAergic inhibitory neurons is a possible cause of this intractable epilepsy syndrome.

Dr. Catterall found that mice with a heterozygous loss of one allele of the Nav1.1 channel gene are ataxic, as measured in tests of walking a straight line and walking on a narrow rod. Analysis of the cerebellar Purkinje neurons, which are crucial in coordinating movement, show that there is a dramatic loss of sodium current. Loss of excitability of these neurons is sufficient to cause profound ataxia.

The Purkinje neurons are unique because they are GABAergic inhibitory neurons that serve as projection neurons, in contrast to virtually all other projection neurons, which are excitatory. Dr. Catterall’s team believes that the dramatic loss of sodium current in both the hippocampal inhibitory GABAergic interneurons and the cerebellar inhibitory Purkinje neurons means that many classes of GABAergic neurons throughout the brain may have reduced sodium currents and reduced excitability, and that impaired excitability of these other inhibitory neurons may be responsible for other aspects of the disease like spasticity and cognitive impairment.

http://www.ice-epilepsy.org/the-sodium-channel-and-morbidities-associated-with-dravet-syndrome.html

Z powyższych cytatów wyłania się następujący obraz. Utrata funkcji przez kanały sodowe powoduje, że trudniej je wzbudzić. To sugeruje, że padaczka nie powinna występować. Ponieważ kanały sodowe (w tym przypadku Nav1.1) występują także w hipokampie to neurony, które tam występują również trudniej wzbudzić. Ale GABAminergiczne neurony, które tam występują mają za zadanie wyhamowywać nadmierną ekscytację innych neuronów. Ich utrudnione wzburzenie skutkuje tym, że nie mogą prawidłowo wykonywać swojej pracy (m.in. wyhamowywać nadmiernej ekscytacji innych neuronów) i pojawia się padaczka.


Modelowanie autyzmu u myszek

Na ilustracji po lewej stronie widzimy praktyczny przewodnik po tym jak rozpoznawać emocje u myszek. To, oczywiście, słaby żart, ale obrazuje z jakimi trudnościami borykają się badacze chcący ocenić czy dana mysz jest autystyczna i czy testowana ingerencja sprawia, że autystyczna przestaje być. Biorąc pod uwagę, że ocena czy ktoś jest autystyczny czy nie jest trudna w przypadku ludzi to co dopiero w przypadku myszek. Żeby przezwyciężyć wiele trudności badacze starają się opracowywać różne testy, które pozwalają odróżnić autystyczną mysz od takiej, która autyzmu nie ma. Dlaczego o tym tutaj piszę? Ano, niestety, badania profesora Catteralla dotyczą na razie gryzoni, a nie ludzi, więc jednak wypada coś na temat autyzmu u mysz powiedzieć. Pomijając fakt w jaki sposób badacze próbują wywołać autyzm u myszy przyjrzyjmy się pobieżnie w jaki sposób badacze sprawdzają czy rzeczywiście mysz jest autystyczna (albo przynajmniej, znacząco inna od normalnej). O tym poniżej.


Test otwartej przestrzeni

Jednym z osiowych zaburzeń w ASD jest sztywny schemat zachowań, wąski zakres wyuczonych zachowań, obawa przed nowością. W przypadku lepiej funkcjonujących osób z ASD często występuje niepokój, trwoga, bojaźliwość (ang. anxiety). Jednym z testów, który stara się badać nasilenie takich zachowań u gryzoni jest test otwartej przestrzeni (ang. open field test). Testowana mysz jest umieszczana w zamkniętym pojemniku nad którym znajduje się kamera. Normalna mysz spędza początkowo bardzo dużo czasu przy ściankach pomieszczenia bojąc się wyjść na otwartą przestrzeń z obawy przed czyhającym niebezpieczeństwem (które, w istocie, może jej grozić w warunkach naturalnych). Z biegiem czasu myszka nabiera pewności siebie, pokonuje wrodzoną bojaźliwość i eksploruje całą dostępną przestrzeń. Okazuje się, że autystyczna mysz przejawia inny schemat zachowań. Przebywa praktycznie cały czas w tym samym miejscu i w całym okresie badania nie eksploruje dostępnej przestrzeni. Oprócz tego, że autystyczna mysz nie przemieszcza się w sposób typowy dla gatunku to widać też inne nieprawidłowe zachowania: autystyczna mysz rzadko zatrzymuje się i obwąchuje otoczenie. Czy takie zachowanie myszki dobrze modeluje niektóre aspekty zachowań u dzieci z ASD? A może autystyczne myszy nie muszą się zachowywać dokładnie tak samo jak ludzie. Przyjrzyjmy się krótko jeszcze innym testom.

Test trzech komór

Celem testu przedstawionego na powyższym obrazku jest ocenia defektów społecznych u autystycznych myszek. Myszki są z natury bardzo społeczne i chętnie zaznajamiają się nowymi, nieznanymi im wcześniej myszkami. W eksperymencie z trzema komorami badaną mysz umieszcza się w środkowej komorze. W jednej z pozostałych komór znajduje się nieznana mysz, a ostatnia komora jest pusta. Jak się łatwo domyślić w przypadku typowej myszki dość szybko dochodzi do interakcji pomiędzy myszkami i badana mysz spędza dużo czasu w komorze, w której znajduje się nieznana jej mysz. Autystyczna mysz zachowuje się zgoła inaczej. Pierwszy kontakt z nieznaną myszką zachodzi nawet czterokrotnie później i czas spędzony z nową myszką jest o połowę mniejszy. Rozszerzeniem tego testu jest umieszczenie dwóch myszek w skrajnych komorach. Jedna z myszek jest znana testowanej myszce, a druga nie. Normalne myszki lubią nowości i więcej czasu spędzają z nieznaną im dotąd myszką. Autystyczna myszka zachowuje się inaczej.

Pozostałe testy

Testów, w których widać, że myszki u których wywołano autyzm zachowują się inaczej niż typowe myszki jest więcej. W przypadku niektórych testów łatwiej widać jak danych test może się przekładać na ludzkie zachowania, w przypadku innych testów jest to trochę trudniej dostrzegalne. Z pozostałych testów warto wymienić obserwacje tego jak myszka często się czyści (te autystyczne robią to znacząco częściej - być może odpowiada to rytualnym, schematycznym zachowaniom widocznym u ludzi z ASD) i test wymuszonego pływania (oceniająca czy myszka cierpi na depresję). Uniesiony labirynt w kształcie znaku plus w założeniu bada bojaźliwość u myszek (otwarte ramiona bez zabezpieczeń wydają się niebezpieczne). Jak to wygląda można zobaczyć na youtube. To co będziemy obserwować o gryzoni zależy też trochę od danej dysfunkcji, która spowodowała, że myszka jest autystyczna. W przypadku braku działania kanału Nav1.1 i zespołu Draveta obserwuje się ataksję. W związku z powyższym wydaje się, że naturalnym celem obserwacji wydaje się sprawdzenia czy myszka potrafi chodzić w linii prostej, czy też nie (być może właśnie z powodu ataksji).


Klonazepam

Klonazepam jest lekiem z grupy benzodiazepin, wykazującym silne działanie przeciwdrgawkowe. Między innymi z uwagi na to, że autyzm często występuje razem z padaczką ten lek jest stosowany także w przypadku osób autystycznych. Z uwagi na działanie uspokajające bywa przypisywany także w przypadkach kiedy u dziecka nie występuje padaczka. Długotrwałe przyjmowanie leku powoduje, że pojawia się tolerancja i trzeba stopniowo zwiększać dawkę. Leku nie można też gwałtownie odstawiać. Lista skutków ubocznych związanych z długotrwałym przyjmowaniem leku jest długa.

Okazuje się, że w zależności od dawki działanie klonazepamu może się diametralnie różnić.

Grupa badaczy w skład której wchodził prof. Catterall postanowiła zbadać działanie klonazepamu w mysim modelu Zespołu Draveta. Idea początkowo wydaje się dziwna, bo przecież klonazepam jest już od dawna przypisywany osobom z ASD. Dlaczego więc warto się nad tym pochylać? Kluczem jest tutaj odpowiednia dawka leku, znacząca mniejsza niż dotychczas, powodująca inne rezultaty. Oddajmy głos autorom, którzy najpierw starali się dokładnie scharakteryzować deficyty u ich myszek.

Homozygous Scn1a−/− mice developed severe ataxia and died on postnatal day (P) 15, whereas Scn1a+/− mice had spontaneous seizures and sporadic deaths beginning after P21. Scn1a+/− mice develop multiple behavioral phenotypes, which are phenocopies of comorbidities in DS. During a 10-min open-field test, adult Scn1a+/− mice traveled significantly longer than WT (Fig. 1a) but spent less time in the center of the open field (Fig. 1b, Supplementary Fig. 1). In the elevated plus maze, Scn1a+/− mice entered open arms less frequently compared with WT (Fig. 1c), and spent less time in the open arms (Fig. 1d, Supplementary Fig. 2). Scn1a+/− mice also spent more time self-grooming than WT (Fig. 1e, Supplementary Fig. 3a) and displayed increased circling behavior (Fig. 1f, Supplementary Fig. 3b). These observations indicate that Scn1a+/− mice exhibit hyperactivity, increased anxiety, and increased stereotyped behaviors, which are phenocopies of autistic traits in DS. Scn1a+/− mice also showed decreased nest-building ability compared to WT (Supplementary Fig. 4), which could indicate deficits in social behavior.

A three-chamber experiment showed that Scn1a+/− mice displayed profound deficits in social interaction.

However, when we put a stranger mouse in the cage in one chamber, WT mice spent more time in the mouse-containing chamber than in the empty cage-containing chamber (Fig. 1g, Supplementary Fig. 5), and interacted more extensively with peer mice than with the empty cage (Supplementary Fig. 7b). In contrast, Scn1a+/− mice displayed no preference for the stranger mouse (Fig.1g, Supplementary Fig. 5, 7b). When a second stranger mouse was placed in the unoccupied side chamber to assess the discrimination between a novel and a familiar mouse, WT mice showed strong preference for the novel mouse, but Scn1a+/− mice did not (Fig. 1h, Supplementary Fig. 5, 7c), even though they have preference for novel objects (see below).

Scn1a+/− mice failed to improve their learning performance during four days of training (Fig. 2d, e), and displayed substantially reduced spatial memory during the probe trials at day 5 (Fig. 2f – i). These data, together with the results of the context-dependent fear-conditioning test (Fig. 2c), indicate that Scn1a+/− mice have severely impaired spatial learning and memory.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3448848/

Widać z powyższego, że badacze w ocenie stanu myszek wykorzystali testy, które pobieżnie przedstawiliśmy wcześniej. Poza zachowaniami ze spektrum autyzmu myszki uczyły się też gorzej i miały gorszą pamięć. Myszkom podano klonazepam w mikrodawce. Konkluzja badaczy poniżej.

Given that the autism-related phenotype and spatial-learning deficit in Scn1a+/− mice emerge from decreased NaV1.1 activity in GABAergic interneurons, we reasoned that they could be rescued by increasing the strength of GABAergic transmission. To test this idea, we treated Scn1a+/− and WT mice with the benzodiazepine clonazepam, a positive allosteric modulator of the GABAA receptor. Benzodiazepines do not open the GABAA receptor chloride channel in the absence of GABA, but instead boost GABA signaling only when presynaptically released GABA binds to the receptor.

Both in the open arena and in the three-chamber test, clonazepam treatment completely rescued impaired social behaviors of the Scn1a+/− mice, and this effect was reversed after the one-week clearing period (Fig. 5b, c; Supplementary Fig. 22, 23). In contrast, low-dose clonazepam had no effect on the social behavior of WT mice. Treatment with low-dose clonazepam 30 min before testing also rescued impaired context-dependent fear conditioning. Whereas WT mice were unaffected by clonazepam (Fig. 5d), Scn1a+/− mice displayed a complete reversal of the loss of their 30-min and 24-h contextual fear memory (Fig. 5e). These results indicate that a single low dose of clonazepam can reversibly rescue core autistic traits and cognitive deficit in Scn1a+/− mice.

These results support our hypothesis that behavioral rescue by treatment with clonazepam is associated with increased strength of inhibitory transmission.

High-dose benzodiazepine has been widely used to alleviate epileptic seizure and anxiety-like behaviors, but not for rescuing major autism-related behaviors because of its sedative effects. Remarkably, a single low-dose clonazepam injection completely rescued deficits in social interactions and fear-associated contextual memory without sedative or anxiolytic effects in Scn1a+/− mice. The reversible rescue of cognitive deficit and autism-related behaviors by clonazepam at the time of training implies that these comorbidities in DS mice are not caused by recurrent seizure-induced excitotoxicity, but instead are caused by Scn1a haploinsufficiency and the resulting reduction of GABAergic transmission. These results suggest that low-dose benzodiazepine treatment could be a potential pharmacological intervention for cognitive deficit and autistic symptoms in DS patients.

Our results suggest that low-dose benzodiazepine treatment may be effective in alleviating these autistic traits and cognitive impairment in DS and possibly in ASDs more broadly.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3448848/

Badacze sugerują, że nie tylko udało im się spowodować, że myszki przestały się zachowywać w autystyczny sposób, ale też stały się mądrzejsze. To szalenie ważne. Jak daleko jest ten eksperyment na myszkach od skutecznej terapii u ludzi? Być może niedaleko. Okazuje się, że istnieje już pewna grupa osób, które spróbowały podobnej interwencji. Niektóre z tych osób piszą o wyjątkowo pozytywnych efektach. Ponieważ klonazepam bywa często przypisywany w przypadku autyzmy (przynajmniej w Stanach) to jest spora szansa, że niektóre dzieci i tak miałyby przypisany ten lek. Jeśliby chcieć pójść droga prof. Catterall to dawka tego leku jest kilkanaście-kilkadziesiąt razy mniejsza niż to co wynika z ulotki. Zapewne lekarz zasugeruje, że w takiej dawce lek będzie zupełnie nieskuteczny. A może wręcz przeciwnie. Wydaje się, że takie małe dawki wyraźnie zmniejszają ryzyko pojawiania się efektów ubocznych, ale tutaj trzeba przeprowadzić badania. W praktyce okazuje się, że największym problem jest tutaj dawkowanie (bo np.: trzeba podać 1/20 tabletki) i to, że jest bardzo wąski zakres dawki w jakiej ten lek może być skuteczny. Tutaj jednak nie będę przepisywał tego co już zostało napisane lecz odsyłam bezpośrednio do blogu Petera (którego aktualny blog jest jedynie namiastką): [6], [7], [8].


Konkluzja

Zaburzenia w funkcjonowaniu kanałów sodowych powodują różnych obraz kliniczny. Obserwuje się zarówno encefalopatię połączoną z epilepsją jak i autyzm z niepełnosprawnością intelektualną. Ale te obserwowane fenotypy nie są do końca rozłączne. W przypadku autyzmy spowodowanego dysfunkcją kanałów sodowych też mamy czasem do czynienia z padaczką, a z drugiej strony osoby z encefalopatią wykazują wiele zachowań ze spektrum. Okazuje się, że intuicja bywa zawodna i brak przewodnictwa kanałów sodowych może paradoksalnie skutkować padaczką. To co jest najważniejsze w tym poście to to, że dysfunkcję kanałów sodowych można niwelować prowadząc interwencje, które nie są wycelowane w niepracujące właściwie kanały. Nierównowagę pomiędzy ekscytacją/inhibicją można próbować niwelować zarówno poprzez zmniejszanie ekscytacji jak i poprzez zwiększanie inhibicji. Nie jest to trywialne albowiem nadmierna inhibicja w jednym rejonie mózgu może powodować nadmierną ekscytację w innym rejonie (jak przypadku Zespołu Draveta). Wykorzystywane od dziesięcioleci leki mają znany profil bezpieczeństwa. Nawet jeśli ten profil bezpieczeństwa nie jest korzystny to jest on dobrze rozpoznany i wiadomo mniej więcej czego się spodziewać. Bywa tak, że różne dawki tego samego leku działają w inny sposób. Jeden z takich przykładów dotyczył klonazepamu i był przedmiotem badań na mysim modelu Zespołu Draveta. Chociaż rezultaty są obiecujące to prawdopodobnie potrzeba trochę czasu zanim zostanie podjęta próba na ludziach.




[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3448848/
[2] http://www.ice-epilepsy.org/the-sodium-channel-and-morbidities-associated-with-dravet-syndrome.html
[3] http://www.cco.caltech.edu/~phplab/images/whatwedo/EngSci31006.pdf
[4] https://pl.wikipedia.org/wiki/Klonazepam
[5] https://www.youtube.com/watch?v=VuWWtqxe9rM
[6] https://epiphanyasd.blogspot.com/2015/12/long-term-use-of-low-dose-clonazepam.html
[7] https://epiphanyasd.blogspot.com/2014/03/channelopathies-in-autism-treating.html
[8] https://epiphanyasd.blogspot.com/2015/08/low-dose-clonazepam-for-autism-sfari.html

poniedziałek, 15 maja 2017

Terapia kanałów sodowych

Dzisiejszy krótki post będzie dotyczył tylko jednego badania. Chodzi o badanie zatytułowane Environmental enrichment reduces spontaneous seizures in the Q54 transgenic mouse model of temporal lobe epilepsy[1]. Badacze często używają modeli zwierzęcych w swoich eksperymentach. Jest to o tyle wygodne, że można takiej np. myszce podać dowolną substancję żeby próbować zweryfikować założoną hipotezę, można też taką myszkę potem uśmiercić i zbadać dokładnie jej dowolny organ (np.: mózg). Takie modele zwierzęce mają też swoje wady - nie zawsze (lub wypadałoby napisać, że raczej rzadko) interwencje skuteczne u gryzoni okazują się skuteczne u ludzi. Dużo zależy od tego czy dany model zwierzęcy wiernie odzwierciedla zaburzenie u człowieka.

Dzisiaj przyjrzymy się pewnej interwencji na modelu zwierzęcym Q54. Ten model charakteryzuje się dysfunkcją kanału sodowego, a konkretnie jego nadmierną aktywacją. W przypadku mysiego modelu Q54 mowa o nadmiernej aktywacji kanału Nav1.2. Należy oczywiście pamiętać, że są różne zaburzenia w funkcjonowaniu kanałów sodowych Nav1.2. Nadmierna aktywacja tych kanałów prowadzi raczej do encefalopatii i epilepsji, natomiast niedostateczna aktywacja tych kanałów skutkuje raczej autyzmem i/lub niepełnosprawnością intelektualną.

Poniżej kilka słów o tym modelu z pracy autorów.

In this study, we took advantage of Q54 transgenic mice carrying a missense mutation of the sodium channel Scn2a (Nav1.2) (GAL879-881QQQQ), which results in increased persistent sodium currents through the channel. As a consequence of this mutation, Q54 mice exhibit a progressive epilepsy syndrome that resembles human TLE (Kearney et al., 2001).

Q54 transgenic mice harbor a missense mutation of sodium channel Scn2a (Nav1.2) that results in delayed channel inactivation and increased persistent current when measured in Xenopus oocytes and hippocampal neurons from the transgenic mice (Kearney et al., 2001).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21762452

Interwencja

Jaką interwencję postanowili zbadać autorzy publikacji? Interwencję polegającą na dostarczeniu badanym gryzoniom bardzo bogatych bodźców. Wieść głosi, że interwencja ta powstała przypadkowo (napiszę kiedyś o tym) kiedy jeden z badaczy zaczął przynosić gryzonie laboratoryjne do swojego domu. Gryzonie te mogły sobie swobodnie penetrować pokój jego syna, który do najbardziej posprzątanych z pewnością nie należał. Kiedy ów naukowiec przyniósł gryzonie ponownie do laboratorium i zaczął je poddawać różnym ocenom to okazało się, że o wiele mądrzejsze o gryzoni trzymanych w klatkach. Już sama ta anegdota rodzi pytanie czy trzymanie gryzoni w klatkach (to nie jest ich naturalne środowisko) i poddawanie ich potem testom nie powoduje, że otrzymany obraz jest w pewien sposób zakłamany.

Wracając do interwencji, badacze chcieli sprawdzić czy interwencja polegająca na ekspozycji gryzoni na bogate bodźce (environmental enrichment) ma jakiś wpływ na funkcje mózgu. Te "bogate bodźce" by w istocie dość proste.

The enriched environment consisted of large cages provided with tunnels, running wheels, stairs, and toys of different colors and sizes that were changed once per week. Each enrichment cage housed more than five mice (Rossi et al., 2006).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21762452


Wyniki

Badacze nie obserwowali zachowań lecz coś bardziej obiektywnego: zapis EEG. Ale nie tylko to.

Co się okazało? Okazało się, że ilość napadów padaczki zmniejszyła się w radykalny sposób. Co więcej, okazało się że taka interwencja wyraźnie zahamowała utratę neuronów w hipokampie widoczną u gryzoni nie poddanych terapii. Zobaczmy co badacze piszą na ten temat.

A pool of transgenic mice, reared from birth under standard conditions (Q54-SC), was used as controls. Intrahippocampal EEG recordings were performed on EE and SC Q54 mice at 8 weeks of age (2 h per day for 5 days). Seizure activity was typically recorded from Q54-SC but not Q54-EE hippocampi (Fig 2A). EEG quantification revealed a statistically significant decrease in the numberof hippocampal focal seizures in Q54-EE mice, as compared to Q54-SC controls (n = 5 per treatment group; Mann-Whitney U-test, p < 0.05). Furthermore, Q54-SC animals showed a mean duration of hippocampal focal seizures significantly higher than that found for Q54-EE mice (data not shown, n = 5 per treatment group; Mann- Whitney U-test, p < 0.05). Accordingly, NeuN immunostaining revealed pyramidal cell loss in the hippocampus of Q54-SC mice, whereas the hippocampus of Q54-EE mice appeared grossly normal. The number of NeuNpositive pyramidal neurons in CA1 and CA3 sectors was significantly higher in Q54-EE mice as compared to Q54-SC controls (n = 3–4 per treatment group; Student’s t-test, p < 0.05; Fig. 2B).

We also showed that environmental enrichment (EE) from birth exerts antiepileptic and neuroprotective effects in Q54 mice. Reduced seizure frequency in EE-Q54 mice was detected by noncontinuous EEG recordings, which in this case may represent an acceptable measure of ictal activity due to the high frequency of spontaneous seizures shown by Q54 mice.

Spontaneous hippocampal seizures and neuronal loss are reduced in Q54 transgenics after EE. Moreover, our data provide the first demonstration, to our knowledge, that EE from birth can drastically reduce seizure frequency and seizure-induced neuronal loss in a genetic model of TLE caused by a sodium channel mutation.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21762452

Pozostaje jeszcze pytanie o to, na jakim etapie rozwoju gryzonia taka terapia jest skuteczna. Czy będzie skuteczna także u dorosłych gryzoni? No i co tak naprawdę sprawia, że jest to skuteczna terapia bo może są też inne terapie, które mogłyby być skuteczne? Wydaje się, że na te pytania nie ma na razie dobrych odpowiedzi.

It remains to be determined whether introducing EE after onset of first symptoms would prevent progression or reverse the pathology in Q54 mice. Indeed, exposure of young rats to EE after seizures can improve cognitive performances, suggesting that EE can partially reverse the effects of seizures, at least in immature animals (Dhanushkodi & Shetty, 2008). Finally, several mechanisms have been proposed that might explain the antiepileptic and neuroprotective effects of EE, including upregulation of neurotrophic factors, plastic rearrangements in inhibitory circuits, and stimulation of neurogenesis (Dhanushkodi & Shetty, 2008).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21762452


Konkluzja

Trudno na podstawie pojedynczej pracy na gryzoniach wyciągać jakieś dalekosiężne konkluzje dla ludzi. O interwencji "Environmental enrichment" możemy przeczytać nie tylko w kontekście gryzoni. Ta interwencja była już testowana w przypadku dzieci z ASD. Okazało się, że niektóre dzieci objęte tą interwencją rozwijały się lepiej niż ich rówieśnicy z grupy kontrolnej[2].

In a randomized controlled trial, 3–12 year-old children with autism were assigned to either a sensorimotor enrichment group, which received daily olfactory/tactile stimulation along with exercises that stimulated other paired sensory modalities, or to a control group. We administered tests of cognitive performance and autism severity to both groups at the initiation of the study and after 6 months. Severity of autism, as assessed with the Childhood Autism Rating Scale, improved significantly in the enriched group compared to controls. Indeed, 42% of the enriched group and only 7% of the control group had what we considered to be a clinically significant improvement of 5 points on that scale.

At 6 months, the change in average scores for the enriched group was 11.3 points higher than that for the control group. Finally, 69% of parents in the enriched group and 31% of parents in the control group reported improvement in their child over the 6-month study. Environmental enrichment therefore appears to be effective in ameliorating some of the symptoms of autism in children.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4682896/

Jak stwarzano odpowiednie środowisko opisano w badaniu. Dużo jeszcze musimy się nauczyć o tym jakie interwencje medyczne i terapeutyczne mogą być pomocne w dysfunkcjach kanałów sodowych. Niestety wiele interwencji jest jeszcze etapie prób przedklinicznych. Być może wspomniana interwencja (environmental enrichment) ma szanse okazać się skuteczna w przypadku niektórych dzieci z dysfunkcją kanałów sodowych lub ASD w ogólności. Kto wie.


[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21762452
[2] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4682896/

piątek, 12 maja 2017

Kanały sodowe Nav1.2 a ranolazyna, fenytoina, GS967 i inne

Poprzedni post dotyczył kanałów sodowych i ich defektów. W tym kilka słów będzie o tym jakie jest postępowanie w takiej sytuacji.

Powyższy obrazek pochodzi z pracy Genetic and phenotypic heterogeneity suggest therapeutic implications in SCN2A-related disorders[1] i jak widać kanałopatie związane z defektem kanału sodowego Nav1.2 (jednostka alfa kodowana przez gen SCN2A) wiążą się z poważnymi konsekwencjami. W przeważającej części przypadków występuje tutaj encefalopatia (uszkodzenie mózgu) powiązana z epilepsją. Rzadziej mamy do czynienia z autyzmem i/lub niepełnosprawnością intelektualną. Czasem zdarza się też, że mamy do czynienia z BFIS, które charakteryzuje się samoistnym lub wspartym lekami ustąpieniem padaczki.

Ponieważ nie było to wcześniej wspomniane to podam krótką charakterystykę osób w zależności od obserwowanego zaburzenia

Benign Familial Infantile Seizures (BFIS)

Pomimo tego, że padaczka pojawia się w przypadku BIFS zwykle w pierwszym miesiącu życia to wydaje się, że nie czyni większej szkody patrząc długodystansowo. W zapisie EEG pojawiają się czasem pojedyncze wyładowania, a czasem zapis jest czysty. Padaczka ustępuje przed drugim rokiem życia, często w połowie pierwszego roku życia.

Approximately half of the children had seizure onset within the first month of life. Seizure types were predominantly focal clonic, tonic, and generalized tonic-clonic, frequently occurring in clusters. Interictal EEG showed mostly focal or multifocal spikes, but was normal in some cases. All children became seizure-free at a median age of 5 months (range 5 days to 2 years), and remained
seizure-free with normal cognitive development until last follow-up at a median age of 5.5 years (range 7 months to 34 years, data available from 28 cases).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373

Jeśli chodzi o postępowanie terapeutyczne to nie zawsze były podawane leki przeciwpadaczkowe.

Seizures stopped spontaneously in three patients, and with AED treatment in six. Phenytoin was effective in two patients, oxcarbazepine in two, zonisamide in one and clobazam in one. Initial AED treatment failed in seven cases, and six received more than two AEDs (mean 4.3) before the seizures stopped.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373


Encefalopatia powiązana z wczesną padaczką

Padaczka pojawia się w pierwszych trzech miesiącach życia. Zapis EEG jest nieprawidłowy i znacząca cześć osób (ponad 75%) cierpi z powodu poważnej niepełnosprawności intelektualnej. Prawie połowa pacjentów ma niskie napięcie mięśniowe, niektóre osoby mają małogłowie, a u jeszcze innych widać spastyczność (nadmierne napięcie mięśni). Odnotowuje się przypadki śmierci z powodu niekontrolowanej padaczki.

Initial EEGs showed a suppression burst pattern in 25 cases (18 with Ohtahara syndrome, two with EIMFS, and five with unclassifiable epilepsies), and multifocal spikes in the majority of the remaining cases. Regardless of the epileptic syndrome, all patients fulfilled the criteria of encephalopathy as they had intellectual disability, being severe in 54/71 cases.

Additional features included muscular hypotonia (n = 32), microcephaly (n = 15), marked dystonic or choreatic movement disorders (n = 8), spasticity (n = 3), or dysautonomia (n = 5). Seven patients in this subgroup were deceased at time of follow-up, and causes of death included severe infections and status epilepticus.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373

W niektórych przypadkach w kontrolowaniu napadów pomocna okazywała się fenytoina, ale trudno utrzymać jej terapeutyczny poziom we krwi. Stosowane były też inne leki przeciwpadaczkowe.

Effective AEDs in terms of seizure freedom included phenytoin (n = 8), ACTH (n = 2), and carbamazepine, lacosamide, vigabatrin, topiramate as well as a combination of lamotrigine, valproate and levetiracetam in single cases each.

In Patient 23, low plasma levels of phenytoin (<& 13 mg/l) resulted in seizure relapse on several occasions. With a high dosage of phenytoin (15 mg/kg/d, divided in three daily doses) higher phenytoin serum levels were obtained, and seizure freedom was finally achieved. A switch to high dose carbamazepine (45 mg/kg/d) was successful during follow-up. Seizure relapses due to low phenytoin plasma levels were also seen on several occasions in Patient 11 and three other children (Patients 15, 25 and 35) during follow-up.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373


Encefalopatia powiązana z dziecięcą padaczką

Padaczka pojawia się często po trzecim miesiącu życia. Pacjenci są zróżnicowani pod względem intelektualnym, od głęboko upośledzonych po mieszczących się w zakresie normy. W EEG widać głównie pojedyncze wyładowania.

Sixteen presented with West syndrome or infantile spasms, which evolved into Lennox-Gastaut syndrome in 5/16 patients. Two cases were diagnosed as Dravet syndrome, two as Lennox-Gastaut syndrome and two as myoclonic-atonic epilepsy. The majority of the remaining patients with seizure onset after 3 months of age had unclassifiable epilepsies mainly with generalized seizure types including generalized tonic-clonic (15/36, occurring in clusters in four), absence (n = 12) and myoclonic seizures (n = 8). EEG showed mainly generalized spikes and waves or multifocal spikes.

Cognition before seizure onset varied from normal to severely delayed, and was reported abnormal during followup in all cases, with severe cognitive impairment in 35/58. Autism spectrum disorder was found in 18 children. Additional features included muscular hypotonia (n = 16) and marked choreatic or dyskinetic movement disorder in six patients.

AED-related seizure reduction was evident in another 16 cases, most frequently with topiramate (n = 6), phenytoin (n = 3), and carbamazepine (n = 4). Ineffective AEDs included phenobarbital (n = 18), levetiracetam (n = 17), topiramate (n = 13), and valproate (n = 11) (Fig. 2A and Table 2).

Among the patients with other epilepsy phenotypes, different AEDs were effective in single cases each, including levetiracetam (n = 2) and valproate (n = 2). Seizure reduction occurred most frequently with levetiracetam (n = 9), benzodiazepines (n = 9), and valproate (n = 7).Ineffective AEDs included lamotrigine (n = 10), valproate (n = 10), phenobarbital (n = 9), and topiramate (n = 9). Drug-induced aggravation of seizures occurred in seven children with carbamazepine (n = 3), oxcarbazepine (n = 2), phenytoin, lamotrigine and rufinamide, and remitted after discontinuation of the respective AED (see also Fig. 2B and Table 3).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373


Autyzm i/lub niepełnosprawność intelektualna

U osób z autyzmem/niepełnosprawnością intelektualną nie występowała padaczka.

This subgroup consisted of patients with a verified SCN2A mutation, but no signs of epileptic seizures. The unpublished cases, aged 4 to 13 years, exhibited autism with moderate to severe intellectual disability. From the previously published individuals, 14 had autism, nine had intellectual disability without autism, and four had schizophrenia.


Krótka konkluzja na temat leków

Okazuje się, że skuteczność leków przeciwpadaczkowych jest tutaj w dużym stopniu determinowana przez to kiedy padaczka się pojawiła. Jeśli pojawiła się przed trzecim miesiącem życia to skuteczne wydają się blokery kanałów sodowych (SCB, sodium channel blockers), a jeśli później to ta klasa leków nie była efektywna.

Treatment with phenytoin and carbamazepine or with all SCBs considered together showed a significantly better response for patients with onset of epilepsy <3 months than for those with onset ≥3 months (P < 0.01 and P < 0.001, respectively). In contrast, patients with epilepsy onset ≥3 months responded significantly better to non-SCBs (P < 0.001).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373


Późne napięcie kanału sodowego

W poprzednim poście pokazany był obrazek, na którym było widać, że w przypadku nadmiernej przepuszczalności kanału sodowego wartość napięcia nie spada do około 1% napięcia szczytowego lecz jest wyższa. Kiedy wynosi ona kilka procent (3-5%) to u pacjenta widać zbytnie napięcie mięśniowe lub przeciwnie, paraliż. Istnieją leki, stosowane u ludzi, obniżające późne napięcie kanału sodowego. Testowane są też pewne substancje na myszach.

Na powyższym obrazku w sekcji B pokazano jak skutecznie fenytoina obniża późne napięcie kanału sodowego. Dla porównania w sekcji A pokazano jak robi to substancja o nazwie kodowej GS967. Ta druga substancja robi to zdecydowanie skuteczniej - czerwona kreska (dla GS967) jest zdecydowanie bliżej 0 w porównaniu do niebieskiej (dla fenytoiny) i do przypadku kontrolnego oznaczonego czarnym kolorem (nie podawano żadnej substancji).

Na wykresie po lewej widać, że fenytoina i GS967 zdecydowanie lepiej kontrolują napady padaczki niż ranolazyna. Widać, że pomimo tego, że fenytoina w mniejszym stopniu wpływa na późne napięcie kanału sodowego to równie skutecznie redukuje napady padaczki jak GS967. Jaki jest więc problem z fenytoiną, że szuka się nowych substancji jak GS967? Fenytoina działa sedacyjnie, trudno kontrolować jej poziom i potrzebna jest jej większa dawka w porównaniu do GS967. Kto wie czy GS967 nie działaby lepiej u ludzi niż inne blokery kanałów sodowych jak np.: lamotrygina. Ciekawa sugestia pochodzi z niespodziewanych rezultatów stosowania GS967 w mysim odpowiedniku Zespołu Draveta.

Sodium channel blockers usually make seizures worse in Dravet syndrome, which can be a confusing concept since we associate problems with the sodium ion channel due to SCN1A mutations leading to overexcitation and, hence, seizures. The key to understanding this apparent contradiction is that SCN1A is mainly expressed in inhibitory interneurons. If the sodium channels do not work properly due to SCN1A mutations, inhibition is impaired and excitation generated in other types of neurons is not properly counteracted. Sodium channel blockers that further suppress this inhibition thus exacerbate seizures in Dravet syndrome.

GS967 is a known sodium channel blocker, so the authors of this study hypothesized that it would worsen seizures in a mouse model with a Dravet-causing SCN1A mutation. Instead, they found that GS967 not only suppressed spontaneous seizures but dramatically decreased the SUDEP rate in a SCN1A+ model. Further investigation showed that GS967 did not affect the action potential of interneurons but did change the firing profile of pyrimidal (excitatory) neurons, which is not found with traditional sodium channel blockers like lamotrigine.

https://www.dravetfoundation.org/unexpected-efficacy-novel-sodium-channel-modulator-dravet-syndrome/


Nadmiar jonów sodowych

Dlaczego nadmiar jonów sodowych spowodowany wyższym poziomem późnego napięcia kanału sodowego jest problematyczny i rodzi cały szereg problemów zarówno w centralnym układzie nerwowym jak i w układzie krążenia? Wydaje się, że pewną rolę pełnią tutaj jony wapniowe, które napływają do wnętrza komórki zastępując jony sodowe. Bardzo proszę spojrzeć na poniższy obrazek. Po lewej stronie widzimy stan prawidłowy. Po prawej widzimy co się dzieje kiedy późne napięcie kanału sodowego jest zbyt wysokie. Nadmiar jonów sodowych wewnątrz komórki powoduje, że wymiennik sodowo-wapniowy (ang. sodium-calcium exchanger, Na-Ca-eXchanger, NCX) wypychając na zewnątrz jony sodowe wciąga jony wapniowe. Nadmiar jonów wapniowych wewnątrz to też nic dobrego. W istocie testuje się pewne inhibitory NCX w zaburzeniach kardiologicznych.


Biorąc pod uwagę powyższe wydaje się, że jeśli istniejące blokery kanałów sodowych nie są w pełni skuteczne to pomocne mogą być także inne rozwiązania, które ograniczają konsekwencję nadmiaru sodu w komórce. Być może inhibicja wymiennika sodowo-wapniowego lub blokada kanałów wapniowych VDCC (np.: za pomocą Varapamilu) mogłaby przynieść jakieś korzyści? Wydaje się, że jest to sensowny kierunek dociekań.


Konkluzja

Kanałopatie rodzą poważne konsekwencje. W przypadku defektu kanału sodowego Nav1.2 często u pacjentów pojawia się encefalopatia. Czasami pojawia się też autyzm. Postępowanie w przypadku defektu wspomnianych kanałów sodowych polega na kontrolowaniu padaczki. Niekontrolowana padaczka w niektórych przypadkach zakończyła się przedwczesną śmiercią. Blokery kanałów sodowych są skuteczne tylko u pewnej grupy pacjentów. Istniejące blokery kanałów sodowych mają pewne mankamenty i trwają pracę nad innymi (np.: GS967). Nadmiar jonów sodowych pociąga za sobą cały szereg nieprawidłowości i wydaje się, że za część z tych nieprawidłowości odpowiada ekcytotoksyczność spowodowana nadmiarem jonów wapnia wewnątrz komórki. Wydaje się, że jest to jeden w kierunków badań jaki należy podjąć.



[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379373
[2] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24862204
[3] https://www.dravetfoundation.org/unexpected-efficacy-novel-sodium-channel-modulator-dravet-syndrome/
[4] https://bjcardio.co.uk/2008/09/the-late-sodium-current-and-ranolazine/
[5] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25828315
[6] https://en.wikipedia.org/wiki/Excitotoxicity

środa, 10 maja 2017

Kanały sodowe

Miotonia i paraliż

Miotonia (ang. myotonia) i okresowy paraliż (ang. periodic paralysis) to dwa skrajne przypadki zaburzenia związanego z przewodnictwem nerwowym w mięśniach. Miotonia to zaburzenie objawiające się przedłużającym się skurczem i napięciem mięśniowym oraz problemami z rozkurczem mięśni. Pacjenci uskarżają się z reguły na sztywność mięśni, która utrzymuje się przez kilka sekund, minut a czasem jeszcze dłużej. W przypadku okresowego paraliżu mamy do czynienia obezwładniającą słabością podczas której mięśnie są bardzo słabo lub wręcz w ogóle nie są pobudzane. Pomiędzy pojawiającymi się okresowo atakami paraliżu mięśnie zazwyczaj funkcjonują normalnie. Ataki występują nieregularnie i trwają czasem kilka godzin.

Okazuje się, że przynajmniej niektóre przypadki miotonii i okresowego paraliżu związane są z dysfunkcją kanałów sodowych. Istnieją różne zaburzenia funkcjonowania kanałów sodowych. Dla przykładu kanały sodowe mogą mieć patologicznie ograniczoną przepuszczalność lub ich przepuszczalność może być większa niż powinna być. Zanim zerkniemy co się dzieje kiedy przepuszczalność kanału sodowego jest większa niż powinna być zobaczmy jak działają kanały sodowe. Kanały sodowe w odpowiedzi na potencjał czynnościowy (ang. action potential) otwierają się umożliwiając napływ jonów sodowych do wnętrza komórki. Pojawienie się wielu jonów sodowych w komórce powoduje, że zmienia się napięcie i kiedy napięcie jest już dostatecznie wysokie kanały sodowe zamykają się. Przez zamknięty kanał sodowy jony nie przenikają i napięcie dalej nie rośnie. Jony sodu zostają wypchnięte z komórki za pomocą pompy sodowo-potasowej i potencjał wraca do wartości spoczynkowej. Proszę przyjrzeć się uważnie poniższemu obrazkowi.



Jednym z zaburzeń dotyczącym kanałów sodowych jest nieprawidłowy schemat dezaktywacji kanału. Okazuje się, że niektóre defekty genetyczne sprawiają, że potencjał nie wraca do wartości spoczynkowej w prawidłowy sposób. Przykład takiej nieprawidłowej dezaktywacji kanału kiedy to potencjał nie wraca do wartości spoczynkowej można zobaczyć na poniższym obrazku.



Muscle behavior is normal if the fraction of noninactivating channels, f, is less than 0.008. When f is between 0.008 and 0.02, myotonia occurs. In the range 0.03 to 0.04. the initial response is myotonia, but progressive K+ accumulation in the T tubule leads to paralysis (Figure 6). More severe disruption of inactivation, f > 0.04, will cause paralysis without myotonia. These simulation results are consistent with the genotype-phenotype correlations and functional defects identified in specific mutants. The two most common causes of HyperPP - Metl592Val and Thr704Met - cause abnormally large persistent Na currents (in voltageclamp, ~5% of the initial peak) (Cannon & Strittmatter 1993). Conversely, the Val1589Met mutation causes a smaller noninactivating Na current (3% of peak) and leads to myotonia without significant weakness (Mitrovic et a1 1994).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8833439


To co autor powyższego cytatu stara nam się przekazać to to, że w przypadku niektórych wariantów (np.: Metl592Val lub Thr704Met dla SCN4A) mamy do czynienia z hiperkaliemicznym porażeniem okresowym. W przypadku tego paraliżu wartość napięcia pod dezaktywacji kanału sodowego wynosi około 5% różnicy pomiędzy napięciem szczytowym a spoczynkowym. Jeśli różnica jest mniejsza i wynosi około 3% (jak to ma miejsce w przypadku wariantu Val1589Met dla SCN4A) to mamy do czynienia z miotonią. Upraszczając, przy małej dysfunkcji w dezaktywacji kanału obserwuje się raczej wzmożone napięcie mięśniowe, podczas gdy przy większej dysfunkcji zapewne częściej obserwuje się wiotkość mięśni.


Podjednostki alfa

Kanały sodowe aktywowane napięciem (istnieją jeszcze kanały sodowe aktywowane ligandem, ale o nich na razie nie mówimy) składają się z jednej podjednostki alfa i jednej lub dwóch podjednostek beta. Aby kanał sodowy był funkcjonalny wystarcza jedynie jednostka alfa, jednostki beta modulują aktywność kanału. Istnieje wiele genów (od SCN1A do SCN11A, bez SCN6A i SCN7A) kodujących podjednostki alfa (od Nav1.1 do Nav1.9 oraz dodatkowo Nax). Które geny kodują które podjednostki alfa można zobaczyć w poniższej tabeli.

Okazuje się, że ekspresja podjednostek alfa jest odmienna w różnych częściach ciała. Dla przykładu w mięśniu sercowym obserwuje się podjednostki Nav1.5, Nav1.1 i Nav1.3. W związku z tym jeśli podejrzewana jest kanałopatia i pacjent cierpi na dolegliwości sercowe to jeśli szukamy przyczyny w nieprawidłowej pracy kanałów sodowych to warto przyjrzeć się najpierw wspomnianym wyżej podjednostkom. Leki mające pomóc pacjentom z kanałopatią sodową uskarżającym się na dolegliwości sercowe też będą celować najpierw w te specyficzne podjednostki. Powyższa tabela zawiera także (niepełną) listę dolegliwości związanych z jakąś nieprawidłowością w danej podjednostce alfa.

Proszę zwrócić uwagę, że jako skutki dysfunkcji kanału Nav1.4 wymienione zostały hiperkaliemiczne porażenie okresowe oraz miotonia. Kanały Nav1.4 znajdują się jedynie w mięśniach szkieletowych. Dysfunkcje innych kanałów skutkują innymi zaburzeniami.


SCN2A

Przyjrzymy się teraz trochę genowi SCN2A kodującemu podjednostkę alfa Nav1.2. Jednym ze zaburzeń wynikających z nieprawidłowej pracy kanału sodowego opartego na tej podjednostce jest autyzm. Ale są też inne zaburzenia. Na początku przytoczmy fragment z publikacji "Opposing Effects on NaV1.2 Function Underlie Differences Between SCN2A Variants Observed in Individuals With Autism Spectrum Disorder or Infantile Seizures"[3].

The majority of SCN2A missense variants associated with infantile seizures in BIFS and EE are gain of function [(7, 21, 22, 23, 24, 25), but see (26)]. In contrast, mutations observed in ASD/developmental delay are either PTVs resulting in loss of NaV1.2 function or missense mutations of unknown effect. These observations raise the hypothesis that SCN2A variants exert opposing effects on NaV1.2 function in infantile seizures and ASD.

http://www.biologicalpsychiatryjournal.com/article/S0006-3223(17)30041-0/fulltext

Z powyższego wynika że, w zależności od tego jaka jest dysfunkcja kanału sodowego Nav1.2 to albo mamy objawy ze spektrum autyzmu albo jakąś odmianę padaczki. Objawy ze spektrum pojawiają wtedy kiedy kanał sodowy przepuszcza zbyt mało lub wcale. Z drugiej strony jeśli przepuszcza zbyt wiele jonów sodowych to mamy do czynienia z jakąś odmianą padaczki. Najłagodniejszą z odmian jest tzw. Benign Familial Infantile Epilepsy (BFIE) zwana inaczej Benign Familial Infantile Seizures (BFIS). Pojawia się po urodzeniu i ustępuje spontanicznie w okolicach drugiego roku życia. Można podawać leki przeciwpadaczkowe ale nie zawsze się tak robi. Sądzi się, że ta odmiana padaczki nie wpływa negatywnie na rozwój. Ustępowanie tej formy padaczki w okolicach drugiego roku życia wiąże się z hipotezą, że generalnie kanały sodowe Nav1.2 schodzą na dalszy plan z uwagi na pojawiającą się z czasem dominującą rolę kanałów Nav.1.6. Na początkowym etapie rozwoju kanały Nav1.2 są kluczowe dla wzbudzania potencjału czynnościowego, ale z czasem to kanały Nav1.6 przejmują piłeczkę bo mają niższy próg aktywacji. Kanały Nav1.2 zaczynają pełnić rolę pomocniczą.

Jeśli BFIS jest na jednym krańcu zaburzeń związanych z nadmierną przepuszczalnością kanałów sodowych to encefalopatia z towarzyszącą jej (najczęściej) lekooporną padaczką jest na drugim krańcu (ang. epileptic encephalopathy - EE). W tym przypadku rokowania są zdecydowanie bardziej niepomyślne (ale to nie jest przesądzone)[4]. Niektóre osoby dobrze odpowiadają na blokery kanałów sodowych (cały czas pamiętamy, że mamy tutaj do czynienia z przypadkiem kanałów sodowych, które przepuszczają za dużo).

Review of our 12 and 34 other reported cases of SCN2A encephalopathy suggests 3 phenotypes: neonatal-infantile-onset groups with severe and intermediate outcomes, and a childhood-onset group. Here, we show that SCN2A is the second most common cause of EIMFS and, importantly, does not always have a poor developmental outcome. Sodium channel blockers, particularly phenytoin, may improve seizure control.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26291284

Proszę spojrzeć na poniższy rysunek, zwłaszcza na sekcję A i B. W sekcji A zostały wskazane pozycję wariantów które powodują BFIS (kolor żółty) i EE (kolor zielony). Wielkość kropki jest proporcjonalna do ilości osób z takimi wariantami. W sekcji B widać warianty związane z ASD. Kolorem czerwonym oznaczono warianty zmieniające aminokwas w wynikowym białku a kolorem fioletowym oznaczono warianty skutkujące obciętym i prawdopodobnie zupełnie niefunkcjonalnym białkiem - kanałem.


Czy na podstawie tego jak dany wariant wpływa na wynikowy kanał można przewidzieć stan kliniczny pacjenta? Niektórzy twierdzą, że tak.

“Given a mutation and no other knowledge, I would be fairly confident in predicting infantile seizures versus developmental delay or autism,” Sanders says.

https://spectrumnews.org/news/distinct-mutations-sodium-channel-trigger-autism-epilepsy/



Bender’s team also expressed 11 of the autism-linked mutations in cultured human kidney cells to measure how well the channels in those cells transmit ions. Eight of the mutations stop the channel’s activity; the remaining three diminish its ability to respond to signals.

By contrast, SCN2A mutations linked to epilepsy make the channels hyperactive. The findings make sense, as hyperactive neurons are thought to underlie seizures, Bender says.

The data suggest that the kinds of mutations found in epilepsy and autism differ not just in location but in their function. In support of this theory, preliminary data show that people with autism who have SCN2A mutations do not tend to have seizures.

https://spectrumnews.org/news/sodium-channel-gene-takes-diverging-paths-autism-epilepsy/


Postępowanie

Widać z powyższego, że rodzaj dysfunkcji kanału sodowego determinuje sposób radzenia sobie z tą dysfunkcją. W przypadku kiedy kanał sodowy jest nadaktywny to skuteczne mogą okazać się blokery kanałów sodowych. Istnieje kilka klas takich blokerów i ich dobór powinien zależeć od tego na jaką podjednostkę działa ten bloker (np.: w chorobach sercowych szuka się blokerów działających raczej na podjednostkę Nav1.5) i w jaki sposób wpływa na potencjał czynnościowy[7]. Wydaje się, że przypadku SCN2A (ale to moja, zupełnie laicka opinia) najodpowiedniejszą wydaje się klasa Ib (do tej grupy zalicza się lidokaina, meksyletyna czy wspomniana już wcześniej fenytoina). Do rozważenia też propranolol, lek stosowany głównie w leczeniu nadciśnienia a wpływający także na kanały sodowe.

Jeśli chodzi o przypadki autyzmu spowodowane zupełnym brakiem funkcjonowania kanałów sodowych to jest to raczej bardzo trudny orzech do zgryzienia. Także częściowe obniżenie aktywności kanału sodowego nie wydaje się proste do korekty i blokery kanałów sodowych będą tylko pogarszać sytuację.

Chociaż uważa się, że kanały sodowe nie zostały tak gruntownie przebadane jak kanały wapniowe to można tutaj powiedzieć dużo więcej. Perspektywiczne wydają się badania nad mysim modelem nadaktywności kanału sodowego (model Q54) - informacja mniej praktyczna dla osób z ASD. Czasami można też coś ciekawego znaleźć w publikacjach opisujących wybrane osoby z dysfunkcją kanałów sodowych - jak na przykład skuteczne zastosowanie diety Atkinsa do kontroli padaczki w dziecka z mutacją w genie SCN2A.[8]


Konkluzja

Sporo trzeba się jeszcze dowiedzieć o tym w jaki sposób dysfunkcje kanałów sodowych wpływają na obraz kliniczny. Na ten moment wydaje się, że nadaktywność kanałów wiąże się z różnymi odmianami padaczki podczas gdy ich niewystarczająca aktywność skutkuje raczej ASD. Perspektywa skutecznych leków dopiero przed nami, ale wydaje się, że nawet w tej chwili w przypadku nadaktywności kanału pewne leki mogą okazać się pomocne.


[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8833439
[2] https://en.wikipedia.org/wiki/Sodium_channel
[3] http://www.biologicalpsychiatryjournal.com/article/S0006-3223(17)30041-0/fulltext
[4] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26291284
[5] https://spectrumnews.org/news/distinct-mutations-sodium-channel-trigger-autism-epilepsy/
[6] https://spectrumnews.org/news/sodium-channel-gene-takes-diverging-paths-autism-epilepsy/
[7] https://en.wikipedia.org/wiki/Sodium_channel_blocker
[8] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25459969