wtorek, 13 grudnia 2016

Badanie genetyczne

Dzisiejszy post będzie dotyczył badań genetycznych wykonywanych za pośrednictwem firm 23andMe oraz MTHFR Genetics (która zleca badania firmie 23andMe). Znam kilka osób, które wykonały takie badania swoim dzieciom i to co tutaj opiszę być może się im przyda. Wydaje mi się, że badaniami genetycznymi, które powinno się wykonać u dzieci z diagnozą autyzmu są FraX, mikromacierze aCGH i WES. Badania genetyczne wykonywane za pośrednictwem firmy 23andMe są w porównaniu z wcześniej wymienionymi, w mojej opinii, dużo mniej użyteczne. Niemniej jednak jeśli ktoś już je wykonał to może pokusić się "poszperanie" w otrzymanych wynikach.

Wiele osób interesują jedynie wybrane polimorfizmy (np.: dla genów MTHFR, CBS, itd.) a ja chciałbym zaproponować alternatywne podejście. To podejście trochę przypomina szukanie podejrzanych wariantów w wynikach WES. Różnica jest taka, że mamy tutaj do czynienia jedynie z wybranymi wariantami (a nie materiałem genetycznym dla całego eksomu) i nie korzystamy z uznanych narzędzi do analizy/annotowania wariantów (np.: VEP, SnpEff, Annovar). Można byłoby wynik otrzymany z 23andMe przekonwertować do formatu VCF i wtedy użyć wspomnianych wcześniej narzędzi, niemniej jednak korzystanie z tych narzędzi może nastręczać początkującym pewne problemy. Z tego powodu zdecydowałem się stworzyć proste narzędzie, które wczyta wynik z 23andMe i w rezultacie zwróci plik w formacie csv, który będzie można otworzyć w arkuszu kalkulacyjnym. Dodatkowe dane (annotacje) pojawią się w dedykowanych kolumnach. Ten sposób wydaje mi się prostszy dla większości osób. Niestety, dalszą analizę (czyli np.: grzebanie w publikacjach naukowych) trzeba wykonać samemu. Stworzony przeze mnie program ma jedynie ułatwić wybranie zdecydowanie mniejszego podzbioru wariantów do analizy. Na stronie programu umieściłem instrukcję.

Program znajduje się pod adresem: http://agdziedrugijez.pl/hg19/23andme/annotate.html.

Zachęcam do korzystania.


środa, 21 września 2016

Interwencja na podstawie wyników badań

Dzisiejszy post inspirowany jest publikacją o tytule "Biomarker-guided interventions of clinically relevant conditions associated with autism spectrum disorders and attention deficit hyperactivity disorder."[1]. Publikacja jest ogólnie dostępna i jest napisana językiem zrozumiałym dla osób spoza świata medycyny. Autorzy publikacji nie obiecują wyleczenia osób z ASD i ADHD lecz koncentrują się na nieprawidłowościach które mogą występować u osób z tymi zaburzeniami. Autorzy zdają sobie sprawę z tego, że zmaganie się z towarzyszącymi ASD nieprawidłowościami nie musi koniecznie prowadzić do poprawy zachowania osób z ASD.

To, że dana osoba otrzymuje diagnozę ASD nie jest końcem poszukiwań lecz początkiem. Diagnoza ASD oparta o analizę zachowania nie jest poprawną diagnozą z medycznego punktu widzenia. Diagnoza ASD nie chroni danej osoby od innych chorób i zaburzeń. Co więcej, u osób z ASD niektóre zaburzenia występują częściej niż w ogólnej populacji. Część z tych zaburzeń (np.: alergia, astma) wymaga interwencji bez względu na to czy osoba cierpi na ASD czy nie. Nie musi to pociągać za sobą poprawy w zachowaniu u osoby z ASD, ale taka poprawa nie jest wykluczona. W rzeczy samej, łatwo można znaleźć w internecie wypowiedzi rodziców którzy zauważają, że zachowania ich dzieci z ASD pogarszają się wraz z nasilaniem objawów alergicznych (np.: w sezonie letnim podczas pyleń) oraz, że prawidłowa kontrola alergii poprawia w znaczący sposób zachowanie dziecka.

Wracając do publikacji. Publikacja prezentuje pewien zakres (oczywiście wybrany i niepełny) nieprawidłowości, które mogą występować u osób z ASD oraz ADHD. To czy w oparciu o te nieprawidłowości warto podejmować jakąś interwencję zależeć będzie od lekarza.

Problemy występujące u osób z ASD i ADHD można starać się kategoryzować. Przykład takiej kategoryzacji przedstawiają autorzy na poniższej ilustracji.

Oczywiście, taka kategoryzacja nie obejmuje wszystkich nieprawidłowości. Dla przykładu, ADHD wiązane jest często z nieprawidłowościami w ośrodkowym układzie nerwowym (np.: układ dopaminergiczny i serotoninergiczny), którego nie ma w powyższym zestawieniu. Niemniej jednak, z drugiej strony patrząc, dla osób które wiążą ADHD jedynie z nieprawidłowościami w ośrodkowym układzie nerwowym powyższa ilustracja wskazująca na inne nieprawidłowości występujące u osób z ADHD może być pewnym zaskoczeniem.

W kolejnej ilustracji widać zależność pomiędzy wynikami badań a objawami klinicznymi. W tym poście będę generalnie zamieszczał jedynie tabele zaprezentowane w omawianej publikacji. Jeśli kogoś interesują szczegóły to zachęcam do lektury publikacji. Należy podkreślić, że wykazane nieprawidłowości nie występują u wszystkich osób z ASD lub ADHD, nie są czymś charakterystycznym dla tych zaburzeń oraz, że ewentualna korekta tych nieprawidłowości nie musi skutkować poprawą zachowania osób z tymi zaburzeniami. Nie oznacza to jednak, że nieprawidłowości te należy bagatelizować.

Prawdopodobnie, nie ma większego sensu abym wklejał tu wszystkie tabele umieszczone w publikacji. Lepiej samodzielnie przejrzeć tę publikację. Oprócz zaprezentowanych tabel znajduje się tam też szczegółowe omówienie prezentowanych markerów. W każdym razie w kolejnych tabelach z publikacji przedstawiono zestaw markerów dla poszczególnych kategorii z pierwszej tabeli (stres oksydacyjny, metylacja i szlak siarki, dysfunkcje mitochondrialne, itd.). Tabelę z markerami specyficznymi dla stresu oksydacyjnego wklejam poniżej, reszta znajduje się w oryginalnej publikacji.

Konkluzja.

To, że dana osoba otrzymuje diagnozę ASD lub ADHD nie zabezpiecza jej przed współistnieniem innych zaburzeń. Niepokojących objawów nie należy wiązać jedynie z ASD lub ADHD, mogą one wskazywać na współistniejącą jednostkę chorobową (np.: alergię, astmę, celiakię, zapalenie jelit, chorobę Wilsona, anemię, itd.). Leczenie współistniejących chorób może mieć (ale nie musi) duży wpływ na zachowanie osób z ASD i ADHD.



[1] http://www.altmedrev.com/publications/15/1/15.pdf